Namun, kepemimpinannya tidak lepas dari kontroversi, termasuk upaya membangun hubungan diplomatik dengan Israel yang menimbulkan penolakan luas dari berbagai kalangan, hingga maklumat kontroversialnya yang bertujuan membekukan parlemen, yang akhirnya memicu pemakzulannya oleh MPR.
Gus Dur meninggal dunia pada 30 Desember 2009 di Rumah Sakit Cipto Mangunkusumo (RSCM) Jakarta pada usia 69 tahun.
Ia dimakamkan di Tebu Ireng, Jombang, Jawa Timur, meninggalkan warisan kepemimpinan yang kuat dalam pluralisme, hak asasi manusia, dan keberagaman.
Dengan usulan nama Gus Dur sebagai calon pahlawan nasional, pemerintah diharapkan dapat menghormati kontribusi dan jasa politikus yang dikenal sebagai pejuang pluralisme dan toleransi di Indonesia.*