Selain didemo oleh para dosen, Prof. Satryo juga mendapat protes dari pegawai Kemendikti Saintek. Pada 20 Januari 2025, sekelompok pegawai berkumpul di depan kantor kementerian sambil membawa spanduk protes bertuliskan "Kami ASN, dibayar oleh negara, bekerja untuk keluarga, bukan babu keluarga."
Mereka juga menyoroti kebijakan Mendikti yang dianggap semena-mena dalam melakukan pergantian pejabat serta dugaan pemecatan sepihak terhadap seorang pegawai ASN bernama Neni Herlina, yang sebelumnya bertugas menangani urusan rumah tangga kementerian.
"Kalau pegawai melakukan kesalahan, itu kan bisa ditindaklanjuti dengan penjatuhan hukuman disiplin. Tapi harus jelas prosedurnya. Ini tidak dilakukan sama sekali. Bahkan diusir dan diberhentikan sepihak," kata Ketua Paguyuban Pegawai Kemendikti Saintek, Suwitno.