Dalam klarifikasinya, UI menyatakan bahwa keputusan pembinaan terhadap Bahlil merupakan keputusan bersama dari Empat Organ UI, termasuk Rektor, Majelis Wali Amanat (MWA), Senat Akademik (SA), dan Dewan Guru Besar (DGB).
UI juga menegaskan bahwa disertasi Bahlil belum diterima dan belum dinyatakan sah sebagai dokumen pendukung kelulusan.
Bahlil sendiri dalam beberapa kesempatan menyatakan menerima keputusan UI untuk melakukan revisi terhadap disertasinya dan menghormati proses yang sedang berlangsung.
Kendati demikian, kontroversi mengenai penanganan kasus ini masih berlanjut, dengan berbagai pihak mengkritik keputusan UI yang dianggap tidak cukup tegas dalam menanggapi dugaan pelanggaran akademik tersebut.