Penetapan tersangka ini menyusul rampungnya proses administrasi penyidikan, termasuk penghitungan kerugian negara oleh Badan Pemeriksa Keuangan.
Sehari sebelumnya, Juru Bicara KPKBudi Prasetyo menyatakan pimpinan KPK telah sepakat mengenai penetapan tersangka dan hanya menunggu kelengkapan dokumen pendukung.
Kasus ini bermula dari adanya alokasi tambahan 20.000 kuota haji dari Pemerintah Arab Saudi pada masa Yaqut menjabat sebagai Menteri Agama.
Kuota tersebut semula diatur dengan komposisi 92 persen untuk jemaah haji reguler dan 8 persen untuk haji khusus.
Namun, dalam pelaksanaannya, pembagian kuota diubah menjadi 50 persen untuk haji reguler dan 50 persen untuk haji khusus.
KPK menduga kebijakan tersebut merugikan sekitar 8.400 calon jemaah haji reguler yang seharusnya berangkat.
Penyidik juga menemukan indikasi pelanggaran Undang-Undang Nomor 8 Tahun 2019 tentang Penyelenggaraan Ibadah Haji dan Umrah, dengan potensi kerugian negara yang ditaksir mencapai Rp 1 triliun.
Dalam proses penyidikan, KPK telah mencegah Yaqut bepergian ke luar negeri serta menyita sejumlah aset bernilai miliaran rupiah.
Plt Deputi Penindakan dan Eksekusi KPK Asep Guntur Rahayu sebelumnya menyebut aliran dana dugaan korupsi kuota haji mengalir secara berjenjang dari level bawah hingga pimpinan.
"Kalau di kementerian, ujungnya ya menteri," ujar Asep dalam pernyataan sebelumnya.
Penyidik menduga dana tersebut berasal dari praktik jual beli kuota haji tambahan melalui kesepakatan tidak resmi antara pihak Kementerian Agama dan Penyelenggara Ibadah Haji Khusus.
KPK juga bekerja sama dengan Pusat Pelaporan dan Analisis Transaksi Keuangan untuk menelusuri aliran dana melalui pendekatan follow the money.